清同治10年（1871）10月15日，有中國所屬番邦的琉球藩民乘兩小船至那霸途中，遭遇颶風飄流至臺灣島的滿州鄉八瑤灣（九棚村）。
在台灣島海邊上岸後，船民迷途至牡丹鄉高士佛番社求食，原本受到招待，後來卻私自逃跑，被番人（即南島語族，今稱原住民）認為不懷好意，致五十四名琉球藩民遭番人殺害。
剩餘十二人，先後經由在雙溪口經營交換所的中國人鄧天保，以及保力庄長楊友旺、統埔庄民林阿九、林椪獅父子協同救助，且將遭殺害的琉球藩民屍體移葬於統埔庄現址。
由於在1867年，日本「王政復古」，年輕的明治天皇親政，正式開啟「明治維新」，推動近代化富國強兵的重大革新。
後來在1872年，日本終於併吞琉球國。
直到1874年，日本卻以幫琉球人討公道為藉口，派兵三千多攻打屏東牡丹社。
由於當時日軍西化政策，購買大量新式武器，番人抵抗不支，日軍一路燒莊，大肆燒殺擄掠。
隨後，中國清廷亦派兵馳援協助番社，與日軍對峙。
最後，中日議和，日本以獲得被害僑民賠償後離去。
牡丹社事件使得中國清廷開始強化台灣的海防事務，福建船政大臣沈保禎在台南建「億載金城」等要塞城堡，以加強防禦。
至於日本，牡丹社事件距離明治維新正式開始只有短短的七年，顯示日本對外軍事擴張的強烈企圖心，也被史學界定義為日本近代軍國主義對外血腥侵略行動之始。