國務機要費貪腐弊案爆發：總統府副秘書長卓榮泰替扁家假發票圓謊護航 遭監察院依法提案彈劾

民國95年（2006年）11月3日，臺灣高等法院檢察署查緝黑金行動中心檢察官陳瑞仁正式偵結前總統陳水扁家族國務機要費貪腐弊案，認定吳淑珍等人以蒐集他人消費發票詐領國務機要費達上千萬元，依法提起公訴。在弊案偵辦期間，時任中華民國總統府副秘書長的卓榮泰親自前往立法院備詢，極力替扁家洗白護航。卓榮泰公開坦承報銷發票中確實有購買童書、名牌男錶及私人鑽戒等私人消費憑證，卻堅稱此皆係執行「機密外交專案」之必要掩護，企圖以國家機密為由遮掩赤裸裸的貪瀆圖利。監察院於後續深入調查後，認定卓榮泰身為高階政務幕僚卻嚴重違法失職、公然包庇元首家族貪瀆，正式對卓榮泰提案彈劾並移送公務員懲戒委員會懲處。